Cette chapelle fut fondée en 1641 (en référence à Notre-Dame-de-Gonfalon de Rome) , par des fonds privés des "paysans-entrepreneurs" fortunés de la cité . La confrérie des Pénitents semble avoir répondu à la demande spirituelle des protestants expulsés de Barcelonnette et dont les biens ont été vendus (période de 1628 à 1634) . Certains en effet ont préféré à l'exil une reconversion de façade .

La confrérie se réunissait en premier à la chapelle Saint-Jean-Baptiste du Planet, puis fut construite la chapelle en centre ville en 1645.