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L'église Saint-Pierre-et-Saint-Paul est ouverte au culte en 1608, l'année de la fondation de Québec.

D'un point de vue architectural, il s'agit d'un édifice de transition entre le style gothique et le style Renaissance. Le clocher et une partie de la façade ont été repris à la fin du XVIII° après qu'une tempête eut causé des dégâts à cette partie de l'édifice en 1731. Ainsi, le portail est il teinté d'influences classiques, lesquelles s'expriment par la présence de pilastres et un fronton triangulaire.

À l'intérieur, des vitraux retracent des épisodes de la fondation de la Nouvelle-France. L'un d'entre-eux dépeint la fondation de la ville de Québec, tandis qu'un autre, offert par le Nouveau-Brunswick, représente le poste de l'île Sainte-Croix, fondé en 1604 par Pierre Dugua de Mons. Enfin, une autre verrière évoque la fondation de Jacopolis sur Brouage en 1555.

L'église abrite également une Vierge du XVIII°, un ex-voto représentant un navire du début du XXe siècle, ainsi que le tombeau de l'ancien gouverneur de la place de Brouage, Claude d'Assigné, marquis de Carnavalet, décédé le 10 septembre 1685.

Après être revenu de Québec en 1629, Champlain aurait prié dans l'église pour que le Canada pris par les Anglais soit restitué à la France en faisant vœu de faire construire à Québec une église dédiée à Notre-Dame de Recouvrance. Ce vœu se réalisa et une plaque commémorative le rappelle dans l'église : Ici Champlain a prié et a été exaucé.